تطبيق تقنية الرنين المزدوج للإلكترون والإلكترون (DEER) في تحليل بنية الحمض النووي
منذ اكتشاف البنية الحلزونية المزدوجة الكلاسيكية للحمض النووي من قبل واتسون وكريك في الخمسينيات من القرن العشرين، أصبح الحمض النووي جوهر أبحاث علوم الحياة. يؤدي عدد القواعد الأربع في الحمض النووي وترتيبها إلى التنوع الجيني، ويؤثر تركيبه المكاني على التعبير الجيني. بالإضافة إلى البنية الحلزونية المزدوجة التقليدية للحمض النووي، تم اكتشاف بنية خاصة من الحمض النووي رباعي الجدائل تسمى G-quadruplex في الخلايا البشرية. G-quadruplex عبارة عن بنية عالية الترتيب تتكون من طي الحمض النووي أو الحمض النووي الريبي (RNA) الغني بتكرارات ترادفية من الجوانين (G). تتواجد G-quadruplexes بكثرة في الخلايا سريعة الانقسام، مثل الخلايا السرطانية. لذلك، يمكن أن تكون G-quadruplexes بمثابة أهداف دوائية في أبحاث السرطان. إن دراسة بنية G-quadruplexes وأنماط ارتباطها بالروابط لها أهمية كبيرة لتشخيص وعلاج الخلايا السرطانية. إلكترون-إلكترون Dرنين مزدوج (DEER) تم تطوير الرنين الإلكتروني المزدوج (DEER) باستخدام الرنين المغنطيسي الإلكتروني ثنائي القطب النبضي (PDEPR) كأداة موثوقة ومتعددة الاستخدامات لتحديد البنية في البيولوجيا الهيكلية والكيميائية. يمكن لـ DEER مع تقنيات وضع العلامات الدورانية الموجهة للموقع (SDSL) توفير معلومات عن المسافة على مقياس النانو. في دراسة هياكل G-quadruplex، يمكن لتقنية DEER جنبًا إلى جنب مع SDSL التمييز بين أطوال مختلفة لثنائيات G-quadruplex والكشف عن أوضاع ربط بروابط G-quadruplex مع dimers. يمكن لتقنيات PDEPR التمييز بين أطوال مختلفة لثنائيات G-quadruplex. العلامة الدورانية المستخدمة لقياسات المسافة في تجارب DEER هي Cu(pyridine)4. يرتبط مركب Cu(pyridine)4 تساهميًا بـ G-quadruplexes، والتفاعلات ثنائية القطب ثنائية القطب بين أيونات Cu2+ المجالية في π- يمكن قياس مونومرات G-Quartet المكدسة. وهذا يسمح بدراسة تكوين الديمر. [Cu2+@A4] (TTLGGG) و [Cu2+@B4] (TLGGGG) عبارة عن اثنين من أليغنوكليوتيدات بتسلسلات مختلفة. يوضح الشكل 1 والشكل 2 النتائج التجريبية لـ DEER لـ [Cu2+@A4]2 و [Cu2+@B4]2، على التوالي. من نتائج DEER، متوسط المسافة بين أيونات Cu2+-Cu2+ الفردية في [Cu2+@A4 ]2 الثنائي هو dA = 2.55 نانومتر. تشكل G-quadruplexes عند نهايات 3' من G-quartets ثنائيات G-quadruplex من خلال التراص من الذيل إلى الذيل، ومحاور gz في علامتي Cu2+ تدور في يتم ترتيب ثنائيات G-quadruplex بالتوازي. مقارنة بـ [Cu2+@A4]2 ، مسافة التراص π في [Cu2 +@B4]2 أطول (ديسيبل-دا = 0.66 نانومتر)، مما يؤكد وجود رباعي G إضافي في كل مونومر [Cu2+@B4]، وهو ما يتوافق مع المسافة المتوقعة. لذلك، يمكن لقياسات DEER التمييز بين أطوال مختلفة لثنائيات G-quadruplex. الشكل 1 (أ) طيف EPR النبضي (الخط الأسود) لـ [Cu2+@A4]2 dimer والمحاكاة المقابلة له (الخط الأحمر) (34 جيجا هرتز، 19 كيلو)؛ (ب) آثار المجال الزمني DEER المصححة في الخلفية (الخط الأسود) في أربعة مواقع ميدانية (أ-د) وأفضل النتائج التي تم الحصول عليها من PeldoFit (الخط الأحمر)؛ (ج) توزيع المسافة التي تم الحصول عليها باستخدام PeldorFit (الخط الأحمر) ومحاكاة MD (الخط الرمادي)؛ (د) التوازن بين المونومر [Cu2+@A4] والثنائي [Cu2+@A4] 2. (Angew.Chem. Int. Ed. 2021, 60,4939 –4947) يوضح الشكل 2 (أ) مخططات المجال الزمني DEER المصححة في الخلفية (خطوط سوداء) في أربعة مواضع ميدانية مختلفة (أ-د) لـ [Cu2+@B4] بالإضافة إلى أفضل ملاءمة تم الحصول عليها من PeldorFit (الخط...